Schemat działania biogazowni
Jednak jak wszystko inne ta prawie idealna biogazownia ma także wady, których nie można przemilczeć. Piętno dzisiejszych czasów, czyli wieczny brak funduszy odciska na niej wyraźnie swój ślad. Takie inwestycje są bardzo drogie, dlatego też w Polsce jest ich niewiele, a szkoda. Pomogłyby w aktywizacji rejonów rolniczych. W pewnych okresach roku, jak np. zima dostęp do substratów jest dosyć mocno ograniczony co może generować straty w procesie tworzenia biogazu. A straty ciągną za sobą niepewność inwestycji. Także polskie prawo bardzo utrudnia budowę biogazowni. Zanim inwestor doczeka się załatwienia sprawy ze strony prawnej to zdąży w tym czasie stracić cały swój zapał i zainwestuje swoje pieniądze w coś zupełnie innego. Wprowadzenie na szeroką skalę produkcji biogazu mogłoby wywołać chaos na rynku energetycznym, ponieważ ceny surowców i innych produktów energetycznych gwałtownie uległby zmianie. I wada z zupełnie innej strony, a mianowicie nieprzyjemny zapach, który towarzyszy pracy biogazowni. Nie sposób go uniknąć, mimo że ogranicza się do najbliższego sąsiedztwa instalacji.