Głównym substratem do produkcji biogazu rolniczego jest gnojowica. Gnojowica jest mieszaniną kału i moczu zwierząt oraz wody. Zależnie od sposobu karmienia i ilości zużywanej wody stężenie substancji zawartych w gnojowicy jest zmienne. Substancje organiczne mają różne tempo rozkładu i różnią się ilością biogazu powstałego w wyniku rozkładu biomasy. Odchody zwierzęce mają mniejszy potencjał produkcyjny biogazu, aniżeli odpady biologiczne.
  Tab.1 Produktywność biogazu z odchodów zwierzęcych (s.m. - sucha masa, s.m.o. - sucha masa organiczna, DJP - duże jednostki przeliczeniowe inwentarza, odpowiada krowie o masie 500kg, opracowanie własne na podstawie Biogas Praxis, Grundlagen, Planung, Anlagenbau, Beispiele )

Uzysk biogazu z gnojowicy bydła jest niższy niż w przypadku uzysku z gnojowicy świń. Wynika to z faktu, że niestrawione resztki pokarmu ulegają wstępnej fermentacji już w żołądku bydła, przez co gnojowica bydlęca  jest uboższa w metan. Fermentacja samej gnojowicy jest nieefektywna.

Pozostałe artykuły na temat substratów do biogazowni: 
1. Substraty do produkcji biogazu - odpady przemysłu spożywczego
2. Substraty do produkcji biogazu - osady ściekowe
3. Substraty do produkcji biogazu - odpady komunalne
4. Substraty do produkcji biogazu - rośliny energetyczne